Die Deutsche Ostasienmission hat von Beginn an großen Wert auf eine gute Zusammenarbeit mit den Christen vor Ort gelegt.

In China trat als erster Mitarbeiter der ehemalige Missionar der Rheinischen Mission, Dr. Ernst Faber, in ihre Dienste. 1885 in Shanghai. Er arbeitete mit vielen chinesischen Christen zusammen, um das Evangelium zu den Menschen zu bringen. Wenig später war es Richard Wilhelm, der ein Erziehungs- und Ausbildungsprogramm ins Leben rief. Zur gleichen Zeit, also ebenfalls 1885, begannen Wilfried Spinner und wenig später Emil Schröder in Japan mit der Ausbildung junger Theologen.
Ohne eine enge Zusammenarbeit mit den Christen vor Ort kann der Mission kein Erfolg beschieden sein. So wissen wir heute, dass die Missionare nicht die Träger der Mission der Kirchen in China, Japan, Korea und Taiwan waren, sondern bestenfalls Helfer auf einem Weg, den sich das Evangelium selber bahnte. Mission ist nach unserem heutigen Verständnis sicher zuerst die Aufgabe der Kirche und Gemeinde vor Ort. Aber Mission braucht den ökumenischen Weitblick und die ökumenische Zusammenarbeit, wenn sie sich als Teil des weltweiten Handelns Gottes in dieser Welt versteht.

Es gibt Partner in der Mission, mit denen die DOAM seit vielen Jahren verbunden ist und andere, wo eine Partnerschaft erst im Werden ist.